En el reactor selector se encuentra una alta concentración de bacterias heterótrofas que se encargan de eliminar del 65 al 75% de la materia orgánica (i.e DBO), lo que fomenta la formación de colonias bacterianas de gran tamaño que facilitan el proceso de sedimentación secundaria. En el segundo reactor, al haber poca materia orgánica (i.e alimento para las bacterias) y muchas bacterias (i.e comensales), se inicia el proceso de oxidación total (i.e canibalismo entre las bacterias: técnicamente conocido como respiración endógena) que utiliza el DBO restante como energía de mantenimiento, por lo que se obtienen muy altas calidades de agua tratada, y prácticamente se elimina la producción de lodos de desecho,.